John Dolittle, medico prodigioso, capace di parlare con gli animali, viveva insieme a molti di loro e alla sua amatissima moglie Lily nella riserva delle meraviglie che la regina d'Inghilterra gli aveva offerto in dono. Ma un naufragio si è portato via per sempre Lily e da allora Dolittle non ha più voluto incontrare i suoi simili, ha chiuso le porte dell'ospedale e rinunciato a tutto. Ora però è la regina in persona, gravemente malata, a chiedere che torni al lavoro, per portarle quel fiore dell'albero dell'Eden che solo può salvarla. Mettersi in viaggio sulle tracce dell'albero dell'Eden significa ovviamente, per John Dolittle, ritrovare lo spirito dell'avventura che era stato di Lily e far pace col passato per aprirsi al futuro. Un futuro rappresentato con buona evidenza dal coprotagonista del film, il giovanissimo Stubbins, ragazzino scappato ad uno zio cacciatore, che fa di tutto per farsi assumere come assistente da Dolittle e per imbarcarsi con lui verso un meritato, e per ora rimandato, passaggio di testimone.
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