Giunto sulla Terra ai tempi della Seconda Guerra Mondiale, quando i nazisti prossimi alla sconfitta si sono rivolti al mago Rasputin per evocare forze infernali, Hellboy è destinato a portare la fine del mondo. Non la pensa però così il suo padre adottivo, il Professor Broom, che l'ha educato per fare di lui il principale agente del BPRD, l'organizzazione di ricerca e difesa contro le minacce soprannaturali. Eppure i presagi si accumulano e la potentissima strega Nimue, tradita da Re Artù secoli fa e ora assetata di vendetta, è prossima a tornare e per fare di Hellboy il proprio Re e regnare su un mondo invaso dai demoni.