La CIA ha deciso di chiudere la divisione di Ethan Hunt e compagni, giudicandone i metodi troppo caotici e i risultati dettati più dalla fortuna che della professionalità . Basta vedere il casino che hanno fatto al Cremino (M:I 4), ghigna soddisfatto il direttore (Baldwin), che non ha mai avuto l'IMF in simpatia. Hunt però non ci sta e si condanna a ricercato pur di continuare le indagini sul cosiddetto "Sindacato", un gruppo di agenti addestrati e pericolosi, per lo più dichiarati morti, e invece attivissimi in ogni settore del terrorismo contemporaneo.