Lagenzia Nerv ha infine sconfitto tutti gli Angeli e salvato la Terra, grazie allutilizzo delle unità Eva, giganteschi umanoidi artificiali pilotati da ragazzi attraverso simbiosi psicofisica. Il Progetto per il perfezionamento delluomo perpetrato dalla misteriosa e potentissima agenzia Seele rivela infine la sua natura: alcune unità Eva, guidate dallo spirito dellAngelo Lilith, attaccano Eva-02 e lo fanno a pezzi. Il giovane Shinji, lacerato dai dubbi e dalle paure, si decide a pilotare di nuovo Eva-01 per affrontare il suo destino, che forse è un tassello decisivo nei misteriosi piani apocalittici della Seele.